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Aug 10, 2023

ERK1/2 è un segnale organizzatore ancestrale nella scissione a spirale

Nature Communications volume 13, numero articolo: 2286 (2022) Citare questo articolo

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Lo sviluppo animale è classificato come condizionato o autonomo a seconda che i destini cellulari siano specificati rispettivamente attraverso segnali induttivi o determinanti materni. Tuttavia, il modo in cui si sono evolute queste due principali modalità di sviluppo rimane poco chiaro. Durante la scissione a spirale - un'embriogenesi stereotipata ancestrale a 15 gruppi di invertebrati, inclusi molluschi e anellidi - la maggior parte dei lignaggi specifica i destini cellulari in modo condizionato, mentre alcuni definiscono autonomamente i destini assiali primari. Per identificare i meccanismi che guidano questo cambiamento, studiamo Owenia fusiformis, un anellide condizionale a ramificazione precoce. In Owenia, la segnalazione del recettore FGF mediata da ERK1/2 specifica il progenitore endomesodermico. Questa cellula probabilmente agisce come un organizzatore, inducendo destini mesodermici e posterodorsali nelle cellule vicine e reprimendo i segnali anteriorizzanti. Il ruolo organizzativo di ERK1/2 in Owenia è condiviso con i molluschi, ma non con gli anellidi autonomi. Insieme, questi risultati suggeriscono che la specificazione condizionale di un organizzatore embrionale ERK1/2+ è ancestrale nella scissione a spirale ed è stata ripetutamente persa nei lignaggi anellidi con sviluppo autonomo.

L'impegno delle prime cellule embrionali verso destini di sviluppo più ristretti (ad esempio, endoderma, neuroectoderma e mesoderma) è un passo fondamentale nell'embriogenesi animale che porta alla creazione di piani corporei e influenza il successivo sviluppo1,2,3. Per definire questa prima organizzazione spaziale, gli embrioni animali combinano interazioni cellula-cellula condizionate e induttive con l'eredità asimmetrica dei determinanti materni autonomi delle cellule1,2,4. Spesso una di queste strategie di sviluppo è predominante e quindi l'embriogenesi animale viene definita come condizionata o autonoma1,2,4. Durante l'evoluzione, i lignaggi animali sono passati tra queste due principali modalità di specificazione del destino cellulare5. Tuttavia, come avvengano queste transizioni di sviluppo non è chiaro perché spesso coincidono con variazioni aggiuntive nell'embriogenesi precoce (ad esempio, nei modelli di scissione6,7) che rendono difficile identificare le cause dei cambiamenti nella specificazione del destino cellulare.

La scissione a spirale è un programma di sviluppo precoce antico e stereotipato caratterizzato dall'alternanza di divisioni cellulari oblique dallo stadio a 4 cellule in poi che si trova tra i gruppi di invertebrati all'interno di Spiralia, inclusi molluschi e anellidi8,9 (Fig. 1a). Gli embrioni che si scindono a spirale organizzano il destino cellulare attorno a quattro quadranti embrionali, denominati A-D, che corrispondono approssimativamente rispettivamente ai lati sinistro, ventrale, destro e dorsale del corpo8,9. Sebbene la scissione a spirale sia spesso descritta come un esempio da manuale di sviluppo autonomo2,4, gli embrioni con scissione a spirale specificano le loro identità assiali in modo condizionato o autonomo, senza che ciò influenzi la conservazione complessiva del programma di scissione e dei lignaggi cellulari embrionali8,9,10 (Fig. 1b). Nella modalità condizionale di specifica del destino cellulare, i segnali induttivi tra le cellule nel polo animale e un blastomero vegetale allo stadio di ~ 32-64 cellule impegnano quest'ultimo al destino D dorsale11. Questa cellula fungerà da organizzatore embrionale, istruendo le cellule vicine verso determinati destini e stabilendo il piano corporeo dell'animale (Fig. 1b). Questa modalità di scissione a spirale è diffusa e molto probabilmente ancestrale a Spiralia11,12,13 (ma vedere Dohle per un'ipotesi alternativa14) (Fig. 1c). Tuttavia, alcuni lignaggi di molluschi e anellidi11,12 specificano le identità assiali attraverso la segregazione asimmetrica dei determinanti materni su un blastomero nell'embrione allo stadio di 4 cellule15,16,17 (Fig. 1b). Questo blastomero adotterà il destino dorsale D e uno dei suoi discendenti fungerà successivamente da organizzatore embrionale. Pertanto, la presenza di modalità di sviluppo sia condizionali che autonome negli animali con scissione a spirale12 è un sistema ideale per identificare i meccanismi cellulari e molecolari alla base delle transizioni delle specifiche del destino cellulare negli embrioni animali. Tuttavia, i meccanismi che regolano la scissione a spirale e, per estensione, i cambiamenti nella modalità di sviluppo, sono poco conosciuti.

1.5 or <−1.5 (Supplementary Data 1). PCAs and hierarchical clustering were plotted using ggplot2 and pheatmap R packages, respectively. Volcano plots were obtained with the package EnhancedVolcano, available in R. Candidate genes for further gene expression analyses were selected based on being differentially expressed in both drug treatments (U0126 and BFA) or highly differentially expressed at 5.5 hpf in U0126 treated embryos. We further refined our selection based on Gene Ontology (GO) categories (Supplementary Data 2), focusing on transcription factors and developmental genes (Supplementary Table 6)./p>50,000 cells from 850–900 coeloblastula at 5 hpf. Briefly, cells were dissociated and lysed in ice cold ATAC lysis buffer (10 mM Tris-HCl pH 7.5, 10 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 0.1% (v/v) IGEPAL, 0.1% (v/v) Tween-20, 0.01% (v/v) Digitonin) with the gentle use of a pestle and incubated on ice for 3 min. After a quick wash with ice cold PBS and further resuspension in ice cold ATAC lysis buffer, the lysis reaction was stopped with ice cold ATAC wash buffer (10 mM Tris-HCl pH 7.5, 10 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 0.1% (v/v) Tween-20) and mixed by gently inverting the tube three times. The nuclei were then pelleted by centrifugation at 500 g for 10 min at 4 °C in a fixed-angle centrifuge and chromatin tagmentation and library preparation was performed following the Omni-ATAC protocol68. Read mapping and peak calling was performed as described elsewhere33, and transcription factor motif enrichment and footprinting at chromatin accessible regions was performed with HOMER v.4.1169 and TOBIAS v.0.12.070, respectively, using tracks of reproducible peaks between replicates (p < 0.05) available at Gene Expression Omnibus with accession number GSE184126 and a public repository (https://github.com/ChemaMD/OweniaGenome). Genomic tracks were plotted with pyGenomeTracks v.2.171./p>

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